Erdoğan, 21 ay süren görevinden neden ayrıldığını açıklarken şunları söyledi: "Başkanlığım süresince 1926 yılında yüce Önder Atatürk'ün kurduğu bir Cumhuriyet kurumunu yönetmenin bilinciyle hareket ettim."
Prof. Dr. Erdoğan ile Bakan Çelik arasında uzun zamandan beri bir gerginlik olduğu basına da pek çok kez yansımıştı. Bütün meslek liselerinin kapatılması gerektiğini belirten Erdoğan, ayrıca Anadolu ve Fen Liselerinin sayılarının azaltılması gerektiğine de ifade etmişti. Ayrıca programlarda ve ders kitaplarında Atatürkçülük ile ilgili yer alması gereken konulardaki eksikliklerin tespiti ve giderilmesi için çalışma yapan Erdoğan, Bakanlık çalışanları ile de karşı karşıya gelmişti. Son olarak da Talim ve Terbiye Kurulu Başkanı Erdoğan'ın yaptığı atama listesi de Bakan Çelik ve Personel Genel Müdürü Remzi Kaya tarafından değiştirilmişti.