Engenekon soruşturmasını yürüten savcılarla sanıklardan şikayetler geldiğini ifade eden Şahin, "Bu şikayetlerin bir dosyaya konarak incelenmesi talimatı verdim. Bu yeni değil, haftalar öncesinde verilen bir talimattır. İlgili genel müdürüm bu incelemeyi yürütüyor. Tamamlamış olabilirler' dedi. Savcı Öz'ün kendisine verilen görevi hukuk çerçevesinde yerine getirdiğini belirten Şahin, "Sanki arkadaşlarımız yargı görevi ifa ederken suç işliyorlarmış gibi bir anlayışla kendilerinin haber konusu yapılıyor olmalarını şık bulmuyorum. Çünkü bir yıl içinde belki yüzlerce buna benzer incelemeler yapılır. Bazen bu incelemeler, soruşturmaya da dönebilir" şeklinde konuştu. Bu arada Ergenekon soruşturmasını yürüten Savcı Öz'e inceleme başlatılmasına hukukçulardan tepki geldi. Boğaziçi Avukatlar Derneği Başkanı Yılmaz Geniş "Türkiye, Şemdinli davasının Savcısı Ferhat Sarıkaya' yı kaybetmesi gibi Zekeriya Öz'ü kaybetmesine izin vermemelidir. Yapılan hatadan bir an evvel dönülmesi gerekmektedir" şeklinde konuştu.