Yargıtay 8. Ceza Dairesinin, Mehmet Ağar'ın yargılanmasına ilişkin verdiği " görevsizlik" kararının ardından dosya, Ankara 3. Ağır Ceza Mahkemesine geldi. Duruşma tarihini 11 Kasım 2008 olarak belirleyen mahkemenin, Mehmet Ağar'ın adresine tebligatta bulunduğu öğrenildi. Danıştay 1. Dairesi, Ağar'ın, " cürüm işlemek için silahlı teşekkül meydana getirmek" suçu yönünden lüzum-u muhakemesine, Ağar'ın eylemine uyan 5237 sayılı TCK'nın " suç işlemek için örgüt kurmak" başlıklı 220. maddesi gereğince yargılanmasına karar vermişti. Danıştay İdari İşler Kurulu da 1. Dairenin kararını onayarak, dosyayı Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığına göndermişti.

Mehmet Ağar " vali" statüsünde olduğu gerekçesiyle dosyası Yargıtay 8.Ceza Dairesinde görüşülmüştü. Daire, Ağar'ın, suç tarihinde " emniyet müdürü" statüsünde olduğuna işaret ederek, " görevsizlik" kararı vererek, dosyayı Ankara Ağır Ceza Mahkemesine iletilmek üzere Ankara Cumhuriyet Başsavcılığına göndermişti.