11-15 Eylül 2006 tarihleri arasında organizasyonunda yer alan bazı yönetici personelinin ve tüm pilotlarının istifa etmesi nedeniyle istenen koşulların bir kısmını kaybetmiş ve bu sebeple SHGM'ce yapılan denetim ve değerlendirmeler sonucunda; işletmenin uçuşlarını güvenli bir şekilde sürdüremeyeceği tespit edilmişti.

Bu nedenle; aynı yönetmelik kapsamında işletmenin organizasyonunda meydana gelen eksiklikleri tamamlaması için 18.09.2006 tarihinden itibaren uçuşları durdurularak, işletme ruhsatı askıya alınmış ve işletmeye 60 gün süre verilmişti.

Daha sonra, adı geçen işletmenin eksikliklerini tamamladığını bildirmesi üzerine yapılan denetim ve ardından yapılan değerlendirmeler sonucunda; işletmenin belirtilen hususları yerine getirdiğinin tespit edilmesi üzerine askıya alınan Best Air İşletme Ruhsatı yeniden geçerli hale getirilerek, uçuşlarına 20 Ekim 2006 itibariyle izin verilmişti.