Uçuş operasyonuna 2 adet Boeing B-757-200 tipi uçak ile başlamıştır. Takip eden zaman içinde, Eylül 2001 ayında aynı tipte üçüncü uçağını ve Temmuz 2003 tarihinde yine aynı tipte dördüncü uçağını filosuna dahil etmiştir.

Nisan 2004 tarihinde Turizm sektörünün güvenilir lider şirketleri ETS Tur ve Öger Tur güçlerini birleştirmesiyle Atlasjet'te yeni bir yapılanmaya gidilmiştir.

14.06.2004 tarihinde SHGM tarafından "İç ve Dış Hatlarda Tarifeli ve Tarifesiz Seferlerle Yolcu ve Yük Taşımacılığı" yapmak üzere ruhsatlandırılarak, 01.07 2004 tarihinden itibaren iç hatlarda tarifeli seferlerine başlamıştır.

Uçuş operasyonu gerçekleştirilen noktalar olarak; Türkiye`de İstanbul, Ankara, Antalya, İzmir, Bodrum, Dalaman, Adana, Trabzon, Malatya, Erzincan, Kars, Van, Siirt ve Kıbrıs, Almanya`da Dusseldorf, Koln, Frankfurt, Rostock, Munich, Stuttgart, Berlin, Numberg, Hamburg, Bremen, Hannover, v.b. şehirler ile İsrail, Hollanda, İtalya, Polonya, Birleşik Arap Emirlikleri, İsviçre, Cezayir, Avusturya, Kazakistan, v.b. ülkeler gelmektedir.

Mayıs 2005'te 2 adet Kanada yapımı Bombardier CRJ700 jet Atlasjet filosuna dahil oldu. Deri koltukları ve 81 cm'lik koltuk aralıklarıyla yolculara yüksek konfor sunan CRJ700 uçakların Türkiye'de ve bölgede ilk kullanan hava yolu Atlasjet oldu. Haziran ayında 3 adet fabrika çıkışlı 0 saat Airbus A 320 uçakla filosunu genişleten Atlasjet; 2 adet Boeing B757 uçağımızında Ağustosda filoya dahil olmasıyla, toplam 17 uçak ve 3000 koltuk kapasitesiyle Türkiye'nin filo yaşı en genç hava yolu oldu.