Balık yağlarındaki omega-3 yağ asitleri oksijen, ışık veya ısıya maruz kaldıklarında oksidatif reaksiyona uğrarlar. Oksidasyon adı verilen bu süreç sonunda balık yağlarında istenmeyen tat ve koku değişiklikleri yaşanabilir. Üretim aşaması tamamlanan bir balık yağı ürününün tüketicinin kullanımına kadar geçirdiği süreçte (yani ambalaj açılmadan önce) stabilitesini koruması önemlidir.

Balık yağının üretim aşamasında belli bir miktarda başlayan oksidasyon süreci, kullanımı süresince de devam edebilir. Üstelik, total oksidasyon (TOTOX) değeri yüksek veya üst limite yakın ise bu süreç hızlanabilir. Bu nedenle, ambalaj açıldıktan sonra oluşacak oksidasyon riskini önlemek adına balık yağının kullanımı sırasında da oksijenle temasının minimuma indirgenmesi çok önemlidir.